1、產生原因及克服方法
（1）點樣過量在薄層色譜過程中化合物在薄層板上進行吸附———解吸附的移動過程中，任何一類吸附劑，它們的負載化合物的能力是有一定限度的，因點樣過量而超載后，過剩的化合物被拋在后面，形成拖尾現象。
（2）重復點樣樣點雖在同一垂直線而樣點圓心未重合，致使樣點呈近橢圓形，也是形成拖尾現象的又一原因，為避免以上異常現象，應選擇合適的點樣量和復點樣過程中，樣點圓心應重合。
2、邊緣效應
邊緣鏟應是樣品在層析時，薄層板兩邊的斑點比中間斑點移動快，并向兩邊偏斜。其原因是用混合溶劑展開過程中，其中性較弱和沸點較低的溶劑在薄層板兩邊沿處較易揮發，使薄層板上展開劑的比例不一致，性發生變化，而出現邊緣效應。
為避免上述現象的出現：增加層板缸中溶劑蒸氣濃度，在層析缸內壁貼上浸濕展開劑的濾紙或選擇內徑和長度適宜的層析缸進行層析。選擇適宜的單一溶劑代替混合溶劑。采用共沸溶劑代替一般混合溶劑。
3、S形及波形斑點
S形斑點是指含多種成分的樣品層析時，斑點不是順次分布于原點至展開前沿的垂直線上，而是呈s形分布于垂直線兩側。波形斑點是指某些含多種成分的樣品液，順次點于同一起始線上，展開后，這些成分相同的斑點不呈直線狀平行于起始線，而是呈波浪形。
產生原因為薄層板厚薄不勻。為避免上述現象的出現應選用厚薄均勻的薄層板。
4、念珠狀斑點
念珠狀斑點是指化合物斑點之間距離小，相互連接呈念珠狀。
產生原因及克服方法：樣品中成分過多，在一定長度的薄層板上，排布不開，彼此重疊。可適當增加層析板長度，使斑點距離加大或采用雙向層析，使所含成分向兩個方向展開可以避免念珠狀斑點的出現。多次點樣時，點樣中心不重合，形成復斑。應以適當濃度供試液一次點樣，若多次點樣，點樣中心必須重合。
5、展開后斑點RF值不穩定斑點RF值與文獻規定不符或重復操作RF值時大時小。
主要原因為：層析溫度不穩定，在采用混合溶劑展開時，由于溫度不穩定使展開劑的比例發生變化。薄層厚薄不勻。吸附劑溶劑質量差異。根據以上原因在層析過程中除選擇質量較好的吸附劑與溶劑外，同批或同一品種應選擇同廠、同批號的吸附劑和溶劑，層析時室溫差控制在5℃之間，制板時吸附劑顆粒應選擇直徑顆粒制板，板材平整，薄層厚薄均勻。